Menurut satu kajian yang diterbitkan pada tahun 2014, oleh Kee Boon Pin keatas 150 orang sukarelawan warga Kadazandusun daripada seluruh rantau Sabah, Y-DNA etnik Kadazandusun tergolong dalam 9 kelompok-haplo (haplogroup) induk, dengan Haplogroup M mencatatkan jumlah terbanyak (60/150 40%). Diikuti oleh Haplogroup R (26/150 17.33%), Haplogroup E (22/150 14.67%), Haplogroup B (20/150 13.33%), Haplogroup D (9/150 6%), Haplogroup JT (6/150 4% ), Haplogroup N (4/150 2.67%), Haplogroup F (2/150 1.33) dan Haplogroup HV (1/150 0.67%). Mutasi genom selama ribuan tahun telah memecahkan lagi Haplogroup mtDNA induk ini kepada beberapa subkategori-haplo dengan ribuan variasi subkelompok-haplo. Subkelompok-haplo daripada haplogroup induk M yang didapati dari kajian ini ialah: M7b1'2'4'5'6'7'8 (22%), M7c3c (12.67%), M31a2 (0.67%), dan M80 (3.33%). Subkelompok-haplo daripada haplogroup induk E: E1a1a (8%), E1b + 16261 (4.67%), dan E2 (2%). Subkelompok-haplo daripada haplogroup induk B: B4a1a (3.33%), B4b1 (1.33%), B4b1a + 207 (3.33%), B4c2 (0.67%), B4j (0.67%), B5a (2%), dan B5a1d (1.33% ). Subkelompok-haplo daripada haplogroup induk D: D4s (1.33%), dan D5b1c1 (4.67%). Untuk Haplogroup induk F, H, JT, R dan N pula, terdapat hanya 1 subkelompok-haplo yang didapati bagi setiap haplogroup induk: F1a4a1 (1.33%), HV2 (0.67%), JT (4%), R9c1a (17.33%), N5 (2.67% ).[4] Menurut S.G. Tan dalam kajiannya yang diterbitkan pada tahun 1979, etnik Kadazandusun mempunyai hubungan genom mtDNA (DNA mitokondrion) yang dekat dengan etnik lain yang terdapat di Borneo, Semenanjung Malaysia dan Filipina; termasuklah etnik Iban, Bisaya, Ifugao, Jakun, Dayak Kalimantan, dan Tagalog. S.G. Tan juga menyatakan bahawa Kadazandusun mempunyai "kalau bukan sedikit, tiada" hubungan genom dengan etnik daripada Haplogroup O sebagai haplogroup induknya, seperti etnik Batak[nota 1], Senoi, Bunun[nota 2], Melayu[nota 3] dan Orang Negrito.[5]